Este antibiótico de largo espectro apresenta um perfil de segurança comprovado por mais de 40 anos de utilização. Embora possa ocasionalmente levar a um aumento da sensibilidade da pele ao sol.
Um estudo de mais de 500 utilizadores não revelou problemas significativos e, em particular, não indicou qualquer aumento da candidíase vaginal. A segurança a longo prazo da doxiciclina tem sido comprovada pelo seu uso em adolescentes asmáticos durante vários anos, embora normalmente seja prescrita a dosagem mais baixa, de 50 mg por dia. A doxiciclina conti¬nua a representar um antimalárico altamente eficaz em áreas onde existe Plasmodium falciparum resistente.